临床上疾病复杂多变，病损部位不一定都发生在上、中、下三焦的各自范围内和经络线上。有很多在三焦的交界处，或者在两条经络线的交接处，如乳房就在上、中焦之间；小腿内侧的三阴交穴就有足太阴脾经、足厥阴肝经、足少阴肾经三条经脉通过。对于这些部位的疾病应该用下面的方治来进行辨证。

如乳房虽然位于上、中焦之间。如果病人发病急，病程比较短，伴有寒热往来、胸胁苦满，无郁滞症状，则治疗上焦为主；如果病人病程较长，反复发作，伴有胃脘胀满、烦躁易怒，没有上焦症状表现，就应该以治疗中焦为主。病发于三阴交穴，如果病人伴有腰膝酸软、耳鸣健忘，治疗就应以足少阴肾为主；如果目眩眼花、烦躁易怒则以足厥阴肝经为主；如食欲不振、腹痛腹泻，则以治疗足太阴脾经为主。

如乳房在三焦的位置辨证不明显，但在经络的位置辨证上很明显。乳房属足阳明胃经，乳头属足厥阴肝经，则临床辨治先从胃、肝经开始，暂时不考虑三焦用药。三阴交在经络所属上不明确，但从三焦辨证上明显属于下焦，姑且先从下焦辨证论治。

如乳房疾病，既然发生在上中焦之间，就能引起上中两焦的生理病理改变。治疗时既要考虑到上焦需轻散，也要注意中焦易郁结，可以轻散与解郁同时兼顾。若两条经络同时受累，则两条经络同时治疗。如《证治准绳·疡医准绳卷之一》：“贾德茂，男，十岁。四月天气大热，于左足大腿近膝股内，足厥阴肝之经，少侵足太阴脾之经分，出附骨疽，不辨肉色，漫肿，皮泽木硬，痛势甚大，其脉左三部细弦，按之洪缓，略有力。内托黄芪柴胡汤。”发病部位在“左足大腿近膝股内，足厥阴肝之经，少侵足太阴脾之经分。”于是，黄芪治疗足太阴脾经，柴胡治疗足厥阴肝经，从肝脾两经同时治疗。